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895 stars·298 forks·Cython·MIT·2 vuespysam.readthedocs.io/en/latest↗

Pysam

Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.

Features

  • Python Bioinformatics Modules - Python wrapper for SAM/BAM file manipulation tools.

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Alternatives open source à Pysam

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Questions fréquentes

Que fait pysam-developers/pysam ?

Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.

Quelles sont les fonctionnalités principales de pysam-developers/pysam ?

Les fonctionnalités principales de pysam-developers/pysam sont : Python Bioinformatics Modules.

Quelles sont les alternatives open-source à pysam-developers/pysam ?

Les alternatives open-source à pysam-developers/pysam incluent : arq5x/cyvcf — A fast Python library for VCF files leveraging Cython for speed. biodatageeks/polars-bio — Blazing-Fast Bioinformatic Operations on Python DataFrames. brentp/cruzdb — python access to UCSC genomes database. brentp/cyvcf2 — cython + htslib == fast VCF and BCF processing. cokelaer/bioservices — Access to Biological Web Services from Python. daler/pybedtools — Python wrapper -- and more -- for BEDTools (bioinformatics tools for "genome arithmetic").