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Algorithms for generating sorted indices of all suffixes of a string.
Distinct from String Processing Algorithms: Distinct from general string processing: focuses specifically on the construction of suffix arrays for efficient pattern matching.
Explore 4 awesome GitHub repositories matching software engineering & architecture · Suffix Array Construction. Refine with filters or upvote what's useful.
This project is a comprehensive, community-maintained knowledge base and toolkit designed for competitive programming. It serves as a centralized repository for algorithmic theory, data structures, and mathematical techniques, providing a structured reference for informatics and collegiate programming competitions. The project distinguishes itself by integrating educational content with a robust suite of automation utilities. It provides a complete workflow for competitive programming, including tools for automated test case generation, solution verification, and direct interaction with onlin
Implements efficient suffix array construction algorithms for rapid string pattern analysis.
This project is a comprehensive library of reference implementations for fundamental data structures and algorithms, designed to support technical interview preparation and software engineering assessments. It provides a structured collection of computational techniques for solving complex problems involving arrays, strings, graphs, trees, and mathematical analysis. The library distinguishes itself by offering specialized implementations for advanced topics, including concurrent programming patterns and geometric algorithms. It features thread-safe primitives for managing shared state and tas
Generates sorted suffix arrays to facilitate efficient string processing and pattern analysis.
This is a collection of classical algorithms and data structures implemented as a header-only C++ library. It provides a suite of tools for general algorithm implementation, including data structure management, graph theory analysis, and string processing. The library is distinguished by its specialized toolkits for cryptographic hashing and encoding, featuring implementations of MD5, SHA-1, and Base64. It also includes advanced capabilities for high-performance string processing via suffix trees and arrays, as well as computational number theory for primality testing and arbitrary-precision
Provides suffix array construction for efficient string pattern matching and analysis.
klib est une extension complète de bibliothèque standard C et une boîte à outils de structure de données. Elle fournit un ensemble d'outils fondamentaux pour la gestion de la mémoire, l'organisation des données et des fonctions utilitaires à usage général pour les applications C autonomes. Le projet propose des capacités spécialisées pour l'analyse de séquences bioinformatiques, y compris l'analyse des formats FASTA, FASTQ et Newick et l'implémentation de l'alignement de séquences Smith-Waterman et des modèles de Markov cachés. Il inclut également une bibliothèque de calcul mathématique pour les routines numériques et l'évaluation d'expressions, ainsi qu'un client HTTP et FTP léger pour la récupération de données distantes à accès aléatoire. La boîte à outils couvre une large surface de primitives de calcul haute performance, y compris les modèles multi-threadés, la construction de tableaux de suffixes en temps linéaire et des algorithmes de tri optimisés. Elle implémente une variété de structures d'indexation de données efficaces telles que des tables de hachage avec adressage ouvert, des arbres B et des arbres AVL intrusifs, pris en charge par la gestion de séquences basée sur des pools de mémoire. Les utilitaires supplémentaires incluent l'analyse de données JSON et l'interprétation des arguments de ligne de commande.
Implements the SAIS algorithm for linear-time construction of suffix arrays used in string indexing.