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CJDNS est un VPN peer-to-peer et une surcouche réseau cryptographique qui implémente un réseau maillé IPv6 chiffré. Il fonctionne comme un routeur de table de hachage distribuée, utilisant une métrique XOR non hiérarchique pour router le trafic entre les nœuds sans dépendre d'une autorité ou d'un registre central. Le projet se distingue en liant l'identité réseau à la propriété cryptographique, en dérivant des adresses IPv6 uniques à partir de clés publiques. Il assure une connectivité sécurisée entre pairs au-delà des limites NAT grâce à l'authentification par clé publique, au chiffrement de bout en bout des paquets et à un protocole de handshake offrant une confidentialité persistante (perfect forward secrecy). Le logiciel couvre un large éventail de fonctionnalités, notamment la découverte automatique des pairs via des seeds DNS et des balises réseau locales, ainsi que des opérations de passerelle réseau pour tunneler le trafic vers l'internet public. Il inclut des contrôles de sécurité pour l'intégrité des paquets et la protection contre le rejeu, ainsi qu'une API administrative pour la surveillance programmatique et la gestion du routage. Le système prend en charge l'automatisation des services au démarrage et l'initialisation de périphériques de tunnel réseau virtuels.