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Biopython est une bibliothèque de bioinformatique pour Python fournissant des outils pour analyser, manipuler et étudier les séquences biologiques, les structures moléculaires et les arbres phylogénétiques. Elle sert d'analyseur de séquences biologiques pour les données génomiques et protéomiques à travers de multiples formats de fichiers standards de l'industrie et agit comme une interface pour interroger les données biologiques et les citations des dépôts NCBI Entrez. Le projet se distingue par des toolkits spécialisés pour l'analyse de structure protéique et la construction d'arbres phylogénétiques. Il inclut un analyseur de structure protéique pour traiter les fichiers PDB et mmCIF afin de calculer la géométrie moléculaire, ainsi qu'un toolkit d'arbres phylogénétiques pour analyser les relations évolutives entre les espèces. La bibliothèque couvre un large éventail de capacités bioinformatiques, incluant l'analyse de séquences génomiques pour la transcription et la traduction, la gestion des alignements de séquences et les calculs de génétique des populations. Elle fournit également des outils d'analyse structurelle pour la manipulation de coordonnées atomiques 3D, ainsi que des utilitaires pour la visualisation de caractéristiques génomiques et la modélisation de données biogéographiques. Le système s'intègre avec des binaires bioinformatiques externes via l'encapsulation d'outils et prend en charge le stockage persistant d'enregistrements biologiques via un stockage de séquences basé sur SQL.