Awesome GitHub RepositoriesBiological Database Interfaces

Biopython este o bibliotecă de bioinformatică pentru Python care oferă instrumente pentru a analiza, manipula și interpreta secvențe biologice, structuri moleculare și arbori filogenetici. Servește ca un parser de secvențe biologice pentru date genomice și proteomice în mai multe formate de fișiere standard din industrie și acționează ca o interfață pentru interogarea datelor biologice și a citărilor din depozitele NCBI Entrez. Proiectul se distinge prin seturi de instrumente specializate pentru analiza structurii proteinelor și construcția arborilor filogenetici. Include un analizor de structură proteică pentru procesarea fișierelor PDB și mmCIF pentru a calcula geometria moleculară, precum și un set de instrumente pentru arbori filogenetici pentru analizarea relațiilor evolutive dintre specii. Biblioteca acoperă o gamă largă de capabilități de bioinformatică, inclusiv analiza secvențelor genomice pentru transcriere și traducere, gestionarea alinierilor de secvențe și calcule de genetică a populațiilor. Oferă, de asemenea, instrumente de analiză structurală pentru manipularea coordonatelor atomice 3D, precum și utilitare pentru vizualizarea caracteristicilor genomice și modelarea datelor biogeografice. Sistemul se integrează cu binare externe de bioinformatică prin „wrapping” și suportă stocarea persistentă a înregistrărilor biologice prin stocare de secvențe bazată pe SQL.