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Biopython ist eine Bioinformatik-Bibliothek für Python, die Werkzeuge zum Parsen, Manipulieren und Analysieren biologischer Sequenzen, molekularer Strukturen und phylogenetischer Bäume bereitstellt. Sie dient als Parser für biologische Sequenzen für genomische und proteomische Daten in verschiedenen Industriestandard-Formaten und fungiert als Schnittstelle zum Abfragen biologischer Daten und Zitate aus NCBI Entrez-Repositories. Das Projekt zeichnet sich durch spezialisierte Toolkits für die Analyse von Proteinstrukturen und die Konstruktion phylogenetischer Bäume aus. Es enthält einen Proteinstruktur-Analysator zur Verarbeitung von PDB- und mmCIF-Dateien zur Berechnung der Molekulargeometrie sowie ein Toolkit für phylogenetische Bäume zur Analyse evolutionärer Beziehungen zwischen Arten. Die Bibliothek deckt ein breites Spektrum bioinformatischer Funktionen ab, einschließlich der Analyse genomischer Sequenzen für Transkription und Translation, der Verwaltung von Sequenzalignments und populationsgenetischer Berechnungen. Sie bietet zudem Tools zur strukturellen Analyse für die Manipulation von 3D-Atomkoordinaten sowie Dienstprogramme zur Visualisierung genomischer Merkmale und zur Modellierung biogeografischer Daten. Das System integriert externe Bioinformatik-Binärdateien durch Tool-Wrapping und unterstützt die persistente Speicherung biologischer Datensätze durch SQL-basierte Sequenzspeicherung.